巴拿马实行单栏关税税则，即每一个税目只确定一种税率，适用于来自任何国家的商品，没有差别对待。巴拿马免税进口的物品或产品主要包括：出于饲养目的而进口的动物，土豆籽苗，动物饲料，人或动物所服用的药物，牙科使用的黄金、白金和银，拖拉机，动画片和电影片。地图，蜜蜂，鱼网等。巴拿马的关税种类有：从量税、从价税、销售税和关税附加费以及优惠关税。根据巴拿马关税法，从事制造业的企业可获得投资奖励，其中包括免税进口机器、设备、备用零部件、原材料、半成品、包装材料、燃料以及润滑油。建筑材料、交通工具、办公用品和设备以及任何不用于生产过程中的其他资本品的进口，必须按照规定缴纳相关的关税。

巴拿巴海关一旦发现某进口商有欺骗行为，如改变商品的价值与重量，或以一种商品替代另一种商品，或逃避完税等，将给予处罚没收商品，或加收正常关税额的一倍，或根据情节征收一定数额的罚款。若领事发票不是按照规定的形式提交给海关，海关将征收发票总价值10％的关税附加费。 自由贸易区及其管理
巴拿马科隆自由贸易区始建于1948年，现已成为西半球最大的自由贸易区，是世界上仅次于香港的第二大自由港和免税地区。科隆自由贸易区管理非常严密，采取的安全措施也非其他国家自由贸易区所能比拟。区内设管理委员会，负责管理和组织本国和外国企业从事进口、展销、制造、装配和转口业务，为办公机构出租和修建住房、厂房、出租地皮、批准外国人在区内经商等。巴拿马是世界上罕见的无本国货币的国家，没有外汇管制和对外资的限制，做生意十分方便，大家都使用美元，无需兑换。另外，区内为外国公司从事进出口和其他业务提供了诸多方便，如区内建有可供外商租用的数十座仓库，租期一般为20年，到期还可续租；允许外国公司从事各种商品、制成品、原材料、容器办理运入、储存、展出、开包、制造、包装、分装、装配、精制、净化、混合、改型、调配等业务。