集装箱码头的中转箱主要包括国内和国际两种中转箱。国内中转箱指在境外装货港装船后，经国内中转卸船后转运到境内其它港口的集装箱，以及在国内装货港已办理结关手续，船公司出具全程提单，经国内中转港转运至国外目的港的集装箱。
国际中转箱是指由境外启运，经中转港换装国际航线船舶后，继续运往第三国或地区指运口岸的集装箱。码头设有专职中转业务员，负责码头内中转箱的箱务管理，掌握中转箱的动态，做好中转箱单证资料的流转管理工作。
一、一程船卸船国际海运运输中的“一程船”，即是指对某一中转箱而言，将该箱从起运港载运至中转港的船舶。码头配载计划员在收到船公司资料后，将其中的中转资料交中转业务员处理。中转业务员将中转资料输入电脑。在船舶卸船后，应将中转资料与实卸情况进行核对，发现问题立即通知有关方面协调解决。如在卸船后代理要求更改、补充中转信息，中转业务员在收到代理的工作联系单后，应及时在电脑中更正有关信息。对于一程船卸船后超过 14天还没有出运的中转箱，码头中转业务员要主动与代理联系，及时安排二程船转运。
二、二程船装船国际海运运输中的“二程船”，即是指对某一中转箱而言，将该箱从中转港载运至目的港的船舶。码头中转业务员收到中转通知书后，将中转通知书（需有海关放行章）连同外区拖进本码头的中转箱的动态表一起交配载员处理。在装船结束后，中转业务员将经由配载员注明中转箱实际装箱情况和卸船时间的中转通知书与已装船的动态表等单证一起交费收部门。外区拖进本码头的中转箱因故未能装上船的，中转业务员要妥善保管好动态表，以备使用。
三、中转箱跨区拖运如果中转箱一程船卸船与二程船装船不在同一码头，则在卸船后，该中转箱必须跨区拖运。拖出地码头的中转业务员在安排出场计划的同时开具中转动态表（一式三联），附在作业申请单上交出场检查口。司机拖箱时与检查口文员办理设备交接，检查口文员自留动态表一联，附在出场报表上交费收部门，其余交司机。在拖进地码头，检查口业务员和司机办理设备交接，同时收下两联动态表，一联交中转业务员，另一联附在进场报表上交费收部门。其后的工作与卸船进场的中转箱作业类同。
四、危险品中转箱转存凡不宜在码头堆存的危险品中转箱，码头中转业务员应严格把关，及时通知代理安排转运，确保码头生产的安全。转运前，代理应提供相关工作联系单，并注明费用结算方式。危险品中转箱出场，中转业务员填写作业申请单和动态表（一式三联）交检查口。检查口自留一联附在出场报表上交费收部门，其余交司机。司机进场将动态表交堆场业务员，堆场业务员保留以备日后进场之用。作业结束后，中转业务员将工作联系单交费收部门。
五、中转箱港口的更改国内中转箱港口的更改主要有两种情况：本港货改为中转箱；中转箱改为本港货。代理必须向码头操作部提供的及时通知书（需经海关确认盖章）和改港后的舱单各一份。但改港通知书和改港后的舱单提供的及时于否，将涉及到费用的结算。如码头在一程船卸船前收到这些单证，则客户无须附加额外的费用（改港通知书中必须注明费用的结算方法）。中转业务员必须及时更改相关信息，并安排转至相应的箱区，同时将改港通知书交码头费收作为费用结算的凭证。
六、中转箱倒箱国际中转箱如因箱体损坏、用错箱等原因需要倒箱的，船代理应出具联联系单给码头和海关（注明费用结算方法）。如在码头外倒箱，码头应根据海关许可证，安排出场计划和进场计划：如在码头内倒箱，则在倒箱时，要有海关、船代理、理货员在场 ,倒箱结束后，由海关加铅封。